Pandemiebedingt fand der HafenCity Run 2021 in angepasstem Rahmen statt. Vom 16. bis 31. Oktober stellte der Veranstalter sechs Strecken ungleicher Distanzen, eine App und eine Plattform bereit, wo jedes Team die eigenen Aktivitäten auswerten konnte. Ob mit der Parkroute die grüne Seite entdecken, mit der Baustellensafari den Entwicklungsräumen einen Besuch abstatten oder Auf den Spuren von Sir Bob Geldof eine historische Strecke aus der Veranstaltungsgeschichte nachlaufen – es gab eine Menge zu entdecken. Wer es wünschte, konnte mithilfe einer App den eigenen Einsatz tracken. Die Team- und Einzel-Urkunden gab es als Download. 3.027 Euro kamen dem Hamburger Abendblatt hilft e.V. zugute, welcher damit Kinder- und Jugendprojekte in Hamburg unterstützt.